Artikel vertaald met google translate.
Daaronder publicatie (linken) naar v o l l e d i g artikel met figuren/tabel in Nature Communications - open article
Onderzoekers melden nieuw gen in verband met de schildklier niveaus
Schildklierhormonen hebben belangrijke en diverse rollen in de menselijke gezondheid en het reguleren van de stofwisseling.
Schildklier ziekte wordt vaak (bij 5-10 procent van de bevolking) en synthetische schildklierhormonen zijn een van de meest voorkomende drug therapieën wereldwijd voorgeschreven.
Een nieuwe studie, gepubliceerd in Nature Communications waarbij Universiteit van Bristol academici, meldt een nieuw gen genaamd Syn2 geassocieerd met schildklier niveaus.
Onderzoekers vonden de Syn2 gen een belangrijke rol in de controle van TSH speelt.
De studie toont ook een aparte, zeldzame, genetische variant aanwezig is in slechts vier personen per 1.000 mensen die thyroxine niveaus kunnen veroorzaken in het bloed te worden verheven.
Hoewel schildklierhormonen zijn essentieel voor de ontwikkeling van de jeugd en het behoud van de gezondheid van ouderen, is de genetische controle van deze belangrijke hormonen slecht begrepen.
Gegevens verzameld van ongeveer 4.000 mensen in het Verenigd Koninkrijk en cohorten in Europa en Australië ingeschakeld wetenschappers om genen en mechanismen die de schildklier beïnvloeden ontdekken.
Dr Peter Taylor van het Instituut voor Moleculaire en Experimentele Geneeskunde aan de Universiteit van Cardiff, zei:
"Dankzij de gedetailleerde genetische gegevens beschikbaar zijn door een genoom sequencing onderzoek, de UK10K project, identificeerden we zeldzame varianten geassocieerd met schildklierhormoon niveaus die niet had kunnen zijn waargenomen in eerdere studies. "
Het geheel genomen, die de basis van het onderzoek komen uit twee belangrijke groepen mensen die zijn onderzocht voor vele jaren
gevormd - de TwinsUK Adult Twin Registry en waarschijnlijk de meest bestudeerde volwassenen in de wereld, en de Universiteit van Bristol ALSPAC (Avon Longitudinal studie van ouders en kinderen) studies.
De gegevens voor elke groep omvatten uitgebreide beschrijvingen van hun gezondheid en hun ontwikkeling.
Extra deelnemers waren afkomstig uit Busselton, Australië en Sardinië en Val Borbera, Italië.
Professor Scott Wilson, eerste auteur van de studie, zei:
"Deze hele genoom data heeft ons in staat om vast te stellen dat zowel de gemeenschappelijke genetische varianten met een bescheiden effecten en zeldzamer genetische varianten met grotere effecten te bepalen schildklier status van de betrokkene."
Professor Tim Spector, die de TwinsUK studie leidt aan het King's College in Londen zei:
"We hebben het geluk om zulke uitstekende collecties van klinisch onderzoek materiaal dat door altruïstische vrijwilligers om te helpen in het medisch onderzoek."
Meer dan 16.000 vrijwilligers hebben bijgedragen aan dit onderzoek tussen verschillende landen.
De basis van gegevens afkomstig van de grootste genoom-sequencing project tot nu toe opgeleverd.
"Het is vernederend om de vrijgevigheid van de deelnemers zien in deze studies. Het succes komt van de grootste genoom sequencing projecten uitgevoerd op de hoogte van de meest goed gekarakteriseerd monsters bevolking combineren in de wereld. "
Dit is één van de eerste in een reeks van UK10K studies met behulp van volledige genoom sequentie gegevens en klinische informatie aan genetische varianten te identificeren die de gezondheid beïnvloeden recht tegenover het frequentiespectrum.
Dr Nicholas Timpson, een van de co-auteurs van de Medical Research Council (MRC) Integrative Epidemiology Unit van de Universiteit van Bristol zei:
"Dit werk is een ander voorbeeld van hoe de uitbreiding gen studies naar whole genome sequencing behoren kunnen nieuwe klinisch informatieve varianten te identificeren en verbeteren van ons begrip van de belangrijkste biologische processen. De UK10K project is essentieel om dit streven geweest en we beginnen nu aan zijn potentieel te realiseren. "
Origineel artikel:
http://www.bristol.ac.uk/news/2015/marc ... yroid.html
Publicatie v o l l e d i g artikel in Nature Communications - Open article
Whole-genome sequence-based analysis of thyroid function
Received 28 Apr 2014
Accepted 27 Oct 2014
Published 6 Mar 2015
NATURE COMMUNICATIONS | 6:5681 | DOI: 10.1038/ncomms6681
Peter N. Taylor1,*, Eleonora Porcu2,3,4,*, Shelby Chew5,*, Purdey J. Campbell5,*, Michela Traglia6, Suzanne J. Brown5,
Benjamin H. Mullin5,7, Hashem A. Shihab8, Josine Min8, Klaudia Walter9, Yasin Memari9, Jie Huang9,
Michael R. Barnes10, John P. Beilby11,12, Pimphen Charoen13,14, Petr Danecek9, Frank Dudbridge13, Vincenzo Forgetta15,16,
Celia Greenwood15,16,17, Elin Grundberg18,19, Andrew D. Johnson20, Jennie Hui11,12, Ee M. Lim5,11, Shane McCarthy9,
Dawn Muddyman9, Vijay Panicker5, John R.B. Perry21,22, Jordana T. Bell22, Wei Yuan22, Caroline Relton8, Tom Gaunt8,
David Schlessinger23, Goncalo Abecasis4, Francesco Cucca2,3, Gabriela L. Surdulescu22, Wolfram Woltersdorf24,
Eleftheria Zeggini9, Hou-Feng Zheng16,25, Daniela Toniolo6,26, Colin M. Dayan1, Silvia Naitza2, John P. Walsh5,7,
Tim Spector22, George Davey Smith8, Richard Durbin9, J. Brent Richards15,16,22,25, Serena Sanna2, Nicole Soranzo9,
Nicholas J. Timpson8,w, Scott G. Wilson5,7,22,w & the UK10K Consortiumz
1 Thyroid Research Group, Institute of Molecular & Experimental Medicine, Cardiff University School of Medicine, Cardiff University, Cardiff
CF14 4XN, UK.
2 Istituto di Ricerca Genetica e Biomedica (IRGB), Consiglio Nazionale delle Ricerche, c/o Cittadella Universitaria di Monserrato, Monserrato,
Cagliari CA 09042, Italy.
3 Dipartimento di Scienze Biomediche, Universita` di Sassari, Sassari 07100, Italy.
4 Center for Statistical Genetics, Biostatistics Department, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109-2029, USA.
5 Department of Endocrinology and Diabetes, Sir Charles Gairdner Hospital, Nedlands, Western Australia WA 6009, Australia.
6 Division of Genetics and Cell Biology, San Raffaele Research Institute, Milano 20132, Italy.
7 School of Medicine and Pharmacology, University ofWestern Australia, Crawley,Western AustraliaWA 6009, Australia.
8 MRC Integrative Epidemiology Unit, School of Social and Community Medicine, University of Bristol, Oakfield House, Oakfield Grove, Clifton,
Bristol BS8 2BN, UK.
9 TheWellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton CB
10 1HH, Cambridge, UK. 10William Harvey Research Institute, Barts and The London School of Medicine and Dentistry, Queen Mary University of
London, London EC1M 6BQ, UK.
11 Pathwest Laboratory Medicine WA, Nedlands, Western Australia WA 6009, Australia.
12 School of Pathology and Laboratory Medicine, University ofWestern Australia, Crawley,Western AustraliaWA 6009, Australia.
13 Faculty of Epidemiology and Population Health, London School of Hygiene and Tropical Medicine, LondonWC1E 7HT, UK.
14 Department of Tropical Hygiene, Faculty of Tropical Medicine, Mahidol University, Bangkok 73170, Thailand.
15 Lady Davis Institute, Jewish General Hospital, Montreal, Quebec, Canada H3T 1E2.
16 Department of Epidemiology, Biostatistics and Occupational Health, McGill University, Montreal, Quebec, Canada H3T 1E2.
17 Departments of Oncology and Human Genetics, McGill University, Montreal, Que´bec, Canada H3A1A5.
18 Department of Human Genetics, McGill University, Montreal, Que´bec, Canada H3A1A5.
19 McGill University and Genome Quebec Innovation Centre, Montreal, Que´bec, Canada H3A 1A5.
20 Cardiovascular Epidemiology and Human Genomics Branch, National Heart, Lung and Blood Institute, Bethesda, Maryland 20892, USA.
21 MRC Epidemiology Unit, Institute of Metabolic Science, Box 285, Addenbrooke’s Hospital, Hills Road, Cambridge CB2 0QQ, UK.
22 The Department of Twin Research & Genetic Epidemiology, King’s College London, St Thomas’ Campus, Lambeth Palace Road, London SE1
7EH, UK.
23 Laboratory of Genetics, NIA, Baltimore, Maryland 21224, USA.
24 Facharzt fu¨r Laboratoriumsmedizin, Gescha¨ftsfu¨hrer amedes Ost, Halle/Leipzig GmbH, Leipziger Chaussee 191f, 06112 Halle (Saale),
Germany.
25 Departments of Medicine & Human Genetics, McGill University, Montreal, Que´bec, Canada H3A1A5.
26 Institute of Molecular Genetics–CNR, Pavia 27100, Italy.
* These authors contributed equally to this work. w These authors jointly supervised this work. z
Members of the UK10K Consortium are listed at the end of the paper.
Correspondence and requests for materials should be addressed to P.N.T. (email: taylorpn@cardiff.ac.uk) or to S.G.W.
(email: scott.wilson@uwa.edu.au)
Abstract
Normal thyroid function is essential for health, but its genetic architecture remains poorly understood.
Here, for the heritable thyroid traits thyrotropin (TSH) and free thyroxine (FT4), we analyse whole-genome sequence data from the UK10K project (N¼2,287).
Using additional whole-genome sequence and deeply imputed data sets, we report meta-analysis results for common variants (MAFZ1%) associated with TSH and FT4 (N¼16,335).
For TSH, we identify a novel variant in SYN2 (MAF¼23.5%, P¼6.15_10_9) and a new independent variant in PDE8B (MAF¼10.4%, P¼5.94_10_14).
For FT4, we report a low-frequency variant near B4GALT6/SLC25A52 (MAF¼3.2%, P¼1.27_10_9) tagging a rare TTR variant (MAF¼0.4%, P¼2.14
_10_11).
All common variants explain Z20% of the variance in TSH and FT4.
Analysis of rare variants (MAFo1%) using sequence kernel association testing reveals a novel association with FT4 in NRG1.
Our results demonstrate that increased coverage in whole-genome sequence association studies identifies novel variants associated with thyroid function.
Table 1 Independent SNPs with MAFZ1% associated with serum TSH and FT4 levels in the overall meta-analysis.
Figure 1 Regional and genome-wide association plots for TSH.
Figure 2 Regional and conditional plots for FT4.
Figure 3 Overview of our findings of SNPs associated with TSH and FT4
Figure 4 Plots showing NRG1 region with significant associations with FT4 from SKAT analysis.
Als html:
http://www.nature.com/ncomms/2015/15030 ... s6681.html
Als pdf:
http://www.nature.com/ncomms/2015/15030 ... ms6681.pdf
Als (Interactief) readcube:
http://www.readcube.com/articles/10.1038%2Fncomms6681
.